En 1526 se ordena sacerdote, vendió su hacienda, se dedicó enteramente a la evangelización, empezando por su mismo pueblo y se ofreció como misionero para el Nuevo Mundo. Fue para ello a Sevilla, donde predica y da testimonio de su vida sacerdotal. No pudo viajar a América y, por consejo del arzobispo de Sevilla, Alonso Manrique, empezó a ejercer su ministerio por el sur de España; de aquí que en adelante le llamaban el «Apóstol de Andalucía».
Se dedicó a la predicación por diversas ciudades, organizando misiones populares, dirigiendo espiritualmente a muchas personas, visitando los hospitales, cárceles y escuelas, formando grupo con otros sacerdotes en una vida de estudio, oración y pobreza. En esta época predicó y vivió principalmente en Écija.
Desde 1531 hasta 1533 Juan de Ávila estuvo procesado por la Inquisición. Las acusaciones eran muy graves en aquellos tiempos. Y Juan fue a la cárcel donde pasó un año entero. Al finalizar el proceso le eximieron de todos los cargos.
En 1535, Juan de Ávila se marcha a Córdoba, llamado por el obispo Fr. Álvarez de Toledo y allí conoce a Fr. Luis de Granada.
En todas las ciudades por donde pasaba, Juan de Ávila procuraba dejar la fundación de algún colegio o centro de formación y estudio: la fundación más célebre fue la Universidad de Baeza (Jaén) pero también creó dos colegios mayores, once escuelas y tres convictorios para formación permanente e integral de los clérigos. Varias de estas escuelas y colegios eran para niños huérfanos y pobres.
San Juan de Ávila encarnó en su vida la pobreza y el amor a los pobres siguie3ndo a Cristo. Fue amigo de muchos hombres de toda condición, nobles y humildes, sacerdotes y seglares; y maestro, a la vez, de santos como Juan de Dios, Francisco de Borja, Pedro de Alcántara, Ignacio de Loyola, Juan de Ribera, Tomás de Villanueva o Teresa de Jesús.
Las cartas de Juan de Ávila llegaban a todos los rincones de España e incluso a Roma. De todas partes se le pedía consejo. Obispos, santos, personas de gobierno, sacerdotes, personas humildes, enfermos, religiosos y religiosas, eran los destinatarios más frecuentes. Las escribía de un tirón, sin tener tiempo para corregirlas. Llenas de doctrina sólida, pensadas intensamente, con un estilo vibrante.
Su humildad le llevó a ser un verdadero reformador. Su predicación iba siempre acompañada del catecismo a los niños; su método catequético tiene sumo valor en la historia de la pedagogía.
Es el «Doctor del amor divino». En una época de cambio, como fue la suya, valioso es su mensaje también para la nuestra: «Sepan todos que nuestro Dios es amor».
Desde 1551 comenzó a sentirse enfermo. Las molestias de su enfermedad le obligaron a residir en Montilla hasta su muerte.
Murió el 10 de mayo de 1569.
En 1894, León XIII lo proclamó Beato.
En 1946, Pío XII lo proclamó Patrono de los sacerdotes diocesanos españoles.
En 1970, Pablo VI lo proclamó Santo.
En 2012, Benedicto XVI lo proclamó Doctor de la Iglesia.
ORACIÓN DE UN PECADOR QUE BUSCA A DIOS
Padre de misericordia, abismo de piedad,
socorro de los desamparados, compañía de los solos,
alegría y consuelo de los tristes,
¿por qué no atreverme y aparecer delante de vos
para que, mostrándoos la muchedumbre de mis miserias,
me remediéis con la inmensidad de vuestras misericordias?
¿Vos no sois aquel buen pastor
que con todo cuidado buscó la oveja perdida,
y la puso con mucho gozo sobre sus hombros,
y la devolvió a su aprisco?
¿No sois vos aquel amorosísimo padre
que con tanta alegría y regocijo recibió al hijo perdido?
Hechura soy de vuestra mano, oveja vuestra,
criada en el campo de vuestra Iglesia,
señalada con vuestra sangre y comprada con vuestra vida.
Aunque con angustia de corazón,
a vos me iré, a vos invocaré y llamaré:
Tal médico pide mi enfermedad;
tal cirujano las heridas de mis pecados;
tal pastor la perdición de mi vida,
tal lumbre la tiniebla de mis maldades,
tal remediador mi gran necesidad,
tal misericordia la inmensidad de mis miserias,
tales riquezas la pobreza de mi espíritu,
y tan inestimable bien mis incomparables males.
¡Oh más padre que todos los padres,
más misericordioso que todas las misericordias,
más dadivoso y más liberal
como jamás se acertó a pintar por sabiduría creada!
Que por ser vos tal, me atrevo a pedir tanto,
confiado en que la grandeza innumerable de mis males
no detendrá la grandeza de vuestros bienes,
ni tropezará tanta misericordia en la bajeza de mi miseria.
Recopiladas por Horacio Vázquez.